В 1727 году царь Петр II выделил для немецкой общины землю под постройку храма. Его закладка произошла в день святых Петра и Павла. Освящение здания произошло в 1730 году в день 200-летия Аугсбургского исповедания - главного богословского документа лютеран. В 1832 году было принято решение заменить обветшавшее здание.
Новое здание кирхи построил архитектор Александр Брюллов, выигравший конкурс. Его брат Карл участвовал в росписи интерьеров. Освятили здание в 1838 году. Кирха пострадала в советское время - в 1962 году в ней был открыт бассейн. Внешний вид здания почти не изменился, но интерьеры были полностью утрачены. В 1994 году церковь вернули общине.